过去数年里，陕西省重点文物保护单位、商洛大云寺被卷入商洛市西街片区旧城改造项目——寺院内的2亩多土地一度被开发商隔离，并挖出3米深的基坑，而这并未经文物部门审批。
围绕大云寺的保护，曾负责管理保护大云寺的商洛市博物馆和陕西省文物局，与开发商及商洛市相关部门展开了多年“角力”，但这并没有阻止开发商继续在大云寺院外的一般保护范围内动工。
直到商洛市博物馆发出一封公开信，经媒体报道引发广泛关注，商洛市政府才要求开发商停止违规施工。
2016年4月，商洛市博物馆在当地媒体公开其组织重新编制的大云寺保护规划（草案），该规划与上述旧城改造项目规划存在冲突。此后，事情发生意想不到的转变：2016年7月，博物馆接通知不再负责大云寺保护工作。
与此同时，针对商洛市博物馆馆长刘作鹏的调查也已开展。9月30日，商洛市纪委正式立案，“决定对刘作鹏违纪问题予以党纪立案”。刘作鹏认为，从纪委调查的内容及约谈内容看，他被调查与保护大云寺并发公开信等事有关。
12月20日，澎湃新闻多次致电商洛市纪委第二纪检监察室，但该室电话始终无人接听。对于刘作鹏自称“因保护文物而被立案调查”一事，商洛市文广新局副局长闫玉宏表示：“如果他有问题，该怎么查处，那是纪委的事情。我们既不能说刘馆长有问题，也不能保证他没问题。”