为摸清“三农”基本国情，查清“三农”新发展新变化，我国开展了第三次全国农业普查。这次普查的标准时点为2016年12月31日，时期资料为2016年度。我省第三次全国农业普查对象为全省范围内（不含金门、马祖，下同）农业经营户,居住在农村有确权（承包）土地或拥有农业生产资料的户，农业经营单位,村民委员会，乡镇人民政府。普查主要内容是农业生产能力及其产出、农村基础设施及其基本社会服务和农民生活条件等。农业普查采用全面调查的方法，由普查员对所有普查对象进行逐个查点和填报。全省共组织动员了普查员、普查指导员和各级普查机构的工作人员约10.41万人，登记了569.74万农户、15486个村、1118个乡级单位、6.98万个农业经营单位；组织1800多名工作人员对粮食等大宗农作物播种面积进行卫星遥感测量，完成了2595景卫星遥感数据处理，实地调查了4350个样方和870个抽中普查区，实施了118架次整村无人机飞行测量，掌握了全省主要农作物种植空间分布，取得了全省各设区市及种植大县主要农作物种植面积数据。
在国务院第三次全国农业普查领导小组办公室组织数据质量抽查的基础上，福建省第三次全国农业普查领导小组办公室组织了数据质量抽查，评估了普查数据质量。综合抽查结果显示，全省农业普查登记户的漏报率为0.18%，普查指标数据差异率0.38%。数据质量达到设计标准。
根据《全国农业普查条例》的有关规定，福建省第三次全国农业普查领导小组办公室、福建省统计局和国家统计局福建调查总队发布普查公报，向社会公布普查的主要结果。
我省第三次全国农业普查共调查了927个乡镇，其中乡287个，镇640个；15363个村，其中14337个行政村，1026个涉农居委会；6.93万个自然村；3562个2006年以后新建的农村居民定居点。
一、农业经营主体
2016年，全省共有6.98万个农业经营单位。2016年末，在工商部门注册的农民合作社总数3.42万个，其中，农业普查登记的以农业生产经营或服务为主的农民合作社1.78万个；475.09万农业经营户，其中，13.13万规模农业经营户。全省共有570.69万农业生产经营人员。
二、农业机械拥有量
2016年末，全省共有拖拉机10.35万台，耕整机7.35万台，旋耕机7.11万台，播种机0.33万台，水稻插秧机0.70万台，联合收获机0.70万台，机动脱粒机15.23万台。
三、土地利用
2016年末，耕地面积[1]2004.46万亩，实际经营的林地面积（不含生态林防护林）11369.36万亩。（注[1]：耕地面积使用国土部门数据）
四、农村基础设施
2016年末，在乡镇地域范围内，有火车站的乡镇占8.3%，有码头的占13.8%，有高速公路出入口的占28.9%；99.5%的村通公路。
2016年末，全省100.0%的村通电, 5.8%的村通天然气，28.3%的村有电子商务配送站点。
2016年末，93.7%的乡镇集中或部分集中供水，97.1%的乡镇生活垃圾集中或部分集中处理。92.5%的村生活垃圾集中或部分集中处理，27.2%的村生活污水集中或部分集中处理，75.5%的村完成或部分完成改厕。