陈水扁案曾对民进党产生巨大冲击。如今，已然上台的民进党仍无法摆脱陈水扁的阴影，随着“双十庆典”陈水扁被拒出席，特赦议题再次浮出水面。
据台湾《联合晚报》16日报道，岛内盛传陈水扁不断寻求管道想见蔡英文谈特赦，对无法出席“双十典礼”感到相当失望。对此，陈水扁民间医疗小组发言人陈昭姿称，陈水扁知道这项传闻后非常生气，他的自尊心非常强，绝对不可能向任何人求饶。不过陈昭姿承认，陈水扁的支持者确实通过不同渠道向“总统府”转达希望能特赦陈水扁。像前“总统府资政”辜宽敏出席“双十典礼”时公开呼吁蔡英文尽快特赦陈水扁，直批新当局拖了太久。本土社团长期以来更是动作连连，不断对“总统府”喊话，为特赦一事奔走。9月初，蔡英文指派“国安会秘书长”吴钊燮设宴安抚本土社团情绪。与会的“北社社长”张叶森透露，吴钊燮在餐会上不断道歉，承诺将大家的意见带回“总统府”。“总统府”人士则称，本土社团目前并没有敲锣打鼓的大动作，毕竟现在陈水扁保外就医，已经是现阶段大家都能接受的最好状态，因此蔡英文不会承受太大压力。《联合晚报》提到，民进党“立委”蔡易余已提出“赦免法”修正草案，未来若三读通过，尽管陈水扁还有未判决确定的司法案件，也可获得特赦。
2008年陈水扁在卸任当天，随即因“国务机要费案”遭检调查办，从此官司缠身，入狱服刑。之后他的健康状况被传每况愈下，特赦声浪逐渐增大，尤其在蔡英文当选前后。据风传媒报道，蔡英文曾在农历过年前到高雄探望陈水扁，称上任后须身兼党主席职务，才能确保政务及党务的流畅。陈水扁在席间提及保外就医议题，但蔡英文只交代他要好好保重，并未提及特赦问题。传闻陈水扁相当失望，认为得到特赦的机会不高。3月底，台南市议会通过由“无党团结联盟”提出的特赦陈水扁提案;紧接着4月，高雄市议会通过民进党议会党团提出的“建议马英九总统于卸任前特赦陈水扁前总统”提案。但当时蔡英文方面认为，由她特赦陈水扁，只是“自己人赦自己人”，但由马英九来特赦，才能彰显蓝绿和解的意义。蔡英文上台后，陈水扁不断寻求渠道想与她见一面，但是全都被拒绝。